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医学图像分割之 Dice Loss
在很多关于医学图像分割的竞赛、论文和项目中,发现 Dice 系数(Dice coefficient) 损失函数出...
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2019/05

医学图像分割之 Dice Loss

在很多关于医学图像分割的竞赛、论文和项目中,发现 Dice 系数(Dice coefficient) 损失函数出现的频率较多,自己也存在关于分割中 Dice Loss 和交叉熵损失函数(cross-entropy loss) 的一些疑问,这里简单整理.

1. Dice coefficient 定义

Dice系数 - 维基百科

Dice系数, 根据 Lee Raymond Dice[1] 命名,是一种集合相似度度量函数,通常用于计算两个样本的相似度(值范围为 [0, 1]):

$$ s = \frac{2 |X \bigcap Y|}{|X| + |Y|} $$

$|X \bigcap Y|$ - X 和 Y 之间的交集;$|X|$ 和 $|Y|​$ 分别表示 X 和 Y 的元素个数. 其中,分子中的系数 2,是因为分母存在重复计算 X 和 Y 之间的共同元素的原因.

语义分割问题而言,X - GT 分割图像, Y - Pred 分割图像.

Dice 系数差异函数(Dice loss):

$$ d = 1 - \frac{2 |X \bigcap Y|}{|X| + |Y|} $$

1.1. Dice 系数计算示例

医学图像分割常用的损失函数

预测的分割图的 dice 系数计算,首先将 $|X \bigcap Y|$ 近似为预测图与 GT 分割图之间的点乘,并将点乘的元素结果相加:

[1] - Pred 预测分割图与 GT 分割图的点乘:

$$ |X \bigcap Y| = \begin{bmatrix} 0.01 & 0.03 & 0.02 & 0.02 \\ 0.05 & 0.12 & 0.09 & 0.07 \\ 0.89 & 0.85 & 0.88 & 0.91 \\ 0.99 & 0.97 & 0.95 & 0.97 \end{bmatrix} * \begin{bmatrix} 0 & 0 & 0 & 0 \\ 0 & 0 & 0 & 0 \\ 1 & 1 & 1 & 1 \\ 1 & 1 & 1 & 1 \end{bmatrix} $$

[2] - 逐元素相乘的结果元素的相加和:

$$ |X \bigcap Y| = \begin{bmatrix} 0 & 0 & 0 & 0 \\ 0 & 0 & 0 & 0 \\ 0.89 & 0.85 & 0.88 & 0.91 \\ 0.99 & 0.97 & 0.95 & 0.97 \end{bmatrix} \rightarrow 7.41 (逐元素相加和) $$

对于二分类问题,GT 分割图是只有 0, 1 两个值的,因此 $|X \bigcap Y|$ 可以有效的将在 Pred 分割图中未在 GT 分割图中激活的所有像素清零. 对于激活的像素,主要是惩罚低置信度的预测,较高值会得到更好的 Dice 系数.

关于 $|X|$ 和 $|Y|$ 的量化计算,可采用直接简单的元素相加;也有采用取元素平方求和的做法:

$$ |X| = \begin{bmatrix} 0.01 & 0.03 & 0.02 & 0.02 \\ 0.05 & 0.12 & 0.09 & 0.07 \\ 0.89 & 0.85 & 0.88 & 0.91 \\ 0.99 & 0.97 & 0.95 & 0.97 \end{bmatrix} ^{2(可选)} \rightarrow 7.82 (逐元素相加和) $$

$$ |Y| = \begin{bmatrix} 0 & 0 & 0 & 0 \\ 0 & 0 & 0 & 0 \\ 1 & 1 & 1 & 1 \\ 1 & 1 & 1 & 1 \end{bmatrix} ^{2(可选)} \rightarrow 8 (逐元素相加和) $$

:dice loss 比较适用于样本极度不均的情况,一般的情况下,使用 dice loss 会对反向传播造成不利的影响,容易使训练变得不稳定.

1.2. Dice-coefficient loss function vs cross-entropy

这是在 stackexchange.com 上一个提问:

Dice-coefficient loss function vs cross-entropy

问题:

在训练像素分割的神经网络时,如 FCN,如何选择交叉熵损失函数还是 Dice-coefficient 损失函数?

回答:

采用交叉熵损失函数,而非 dice-coefficient 和类似 IoU 度量的损失函数,一个令人信服的愿意是其梯度形式更优(the gradients are nicer.)

交叉熵损失函数中交叉熵值关于 logits 的梯度计算形式类似于 $p-t$ ,其中,$p$ 是 softmax 输出;$t$ 为 target.

而关于 dice-coefficient 的可微形式,loss 值为 $\frac{2pt}{p^2 + t^2}$ 或 $\frac{2pt}{p + t}$,其关于 $p$ 的梯度形式是比较复杂的:$\frac{2t^2}{(p+t)^2}$ 或 $\frac{2t(t^2 - p^2)}{(p^2 + t^2)^2}$. 极端场景下,当 $p$ 和 $t$ 的值都非常小时,计算得到的梯度值可能会非常大. 通常情况下,可能导致训练更加不稳定.

直接采用 dice-coefficient 或者 IoU 作为损失函数的原因,是因为分割的真实目标就是最大化 dice-coefficient 和 IoU 度量. 而交叉熵仅是一种代理形式,利用其在 BP 中易于最大化优化的特点.

另外,Dice-coefficient 对于类别不均衡问题,效果可能更优. 然而,类别不均衡往往可以通过简单的对于每一个类别赋予不同的 loss 因子,以使得网络能够针对性的处理某个类别出现比较频繁的情况. 因此,对于 Dice-coefficient 是否真的适用于类别不均衡场景,还有待探讨.

机器学习 - 交叉熵Cross Entropy - AIUAI

2. Dice 系数的 Pytorch 实现

2.1. Dice 系数

# https://github.com/pytorch/pytorch/issues/1249
def dice_coeff(pred, target):
    smooth = 1.
    num = pred.size(0)
    m1 = pred.view(num, -1)  # Flatten
    m2 = target.view(num, -1)  # Flatten
    intersection = (m1 * m2).sum()
 
    return (2. * intersection + smooth) / (m1.sum() + m2.sum() + smooth)

2.2. Dice Loss

import torch.nn as nn
import torch.nn.functional as F

class SoftDiceLoss(nn.Module):
    def __init__(self, weight=None, size_average=True):
        super(SoftDiceLoss, self).__init__()
 
    def forward(self, logits, targets):
        num = targets.size(0)
        smooth = 1
        
        probs = F.sigmoid(logits)
        m1 = probs.view(num, -1)
        m2 = targets.view(num, -1)
        intersection = (m1 * m2)
 
        score = 2. * (intersection.sum(1) + smooth) / (m1.sum(1) + m2.sum(1) + smooth)
        score = 1 - score.sum() / num
        return score

2.3. BCELoss2d

import torch.nn as nn
import torch.nn.functional as F
 
 
class BCELoss2d(nn.Module):
    def __init__(self, weight=None, size_average=True):
        super(BCELoss2d, self).__init__()
        self.bce_loss = nn.BCELoss(weight, size_average)
 
    def forward(self, logits, targets):
        probs = F.sigmoid(logits)  # 二分类问题,sigmoid等价于softmax
        probs_flat = probs.view(-1)
        targets_flat = targets.view(-1)
        return self.bce_loss(probs_flat, targets_flat)

3. Dice 系数的 Keras 实现

From:Dice's coefficient  实现

smooth = 1. # 用于防止分母为0.
def dice_coef(y_true, y_pred):
    y_true_f = K.flatten(y_true) # 将 y_true 拉伸为一维.
    y_pred_f = K.flatten(y_pred)
    intersection = K.sum(y_true_f * y_pred_f)
    return (2. * intersection + smooth) / (K.sum(y_true_f * y_true_f) + K.sum(y_pred_f * y_pred_f) + smooth)

def dice_coef_loss(y_true, y_pred):
    return 1. - dice_coef(y_true, y_pred)

4. Dice 系数的 TensorFlow 实现

def dice_coe(output, target, loss_type='jaccard', axis=(1, 2, 3), smooth=1e-5):
    """
    Soft dice (Sørensen or Jaccard) coefficient for comparing the similarity of two batch of data, 
    usually be used for binary image segmentation
    i.e. labels are binary. 
    The coefficient between 0 to 1, 1 means totally match.

    Parameters
    -----------
    output : Tensor
        A distribution with shape: [batch_size, ....], (any dimensions).
    target : Tensor
        The target distribution, format the same with `output`.
    loss_type : str
        ``jaccard`` or ``sorensen``, default is ``jaccard``.
    axis : tuple of int
        All dimensions are reduced, default ``[1,2,3]``.
    smooth : float
        This small value will be added to the numerator and denominator.
            - If both output and target are empty, it makes sure dice is 1.
            - If either output or target are empty (all pixels are background), dice = ```smooth/(small_value + smooth)``, then if smooth is very small, dice close to 0 (even the image values lower than the threshold), so in this case, higher smooth can have a higher dice.

    Examples
    ---------
    >>> outputs = tl.act.pixel_wise_softmax(network.outputs)
    >>> dice_loss = 1 - tl.cost.dice_coe(outputs, y_)

    References
    -----------
    - `Wiki-Dice <https://en.wikipedia.org/wiki/Sørensen–Dice_coefficient>`__

    """
    inse = tf.reduce_sum(output * target, axis=axis)
    if loss_type == 'jaccard':
        l = tf.reduce_sum(output * output, axis=axis)
        r = tf.reduce_sum(target * target, axis=axis)
    elif loss_type == 'sorensen':
        l = tf.reduce_sum(output, axis=axis)
        r = tf.reduce_sum(target, axis=axis)
    else:
        raise Exception("Unknow loss_type")
    dice = (2. * inse + smooth) / (l + r + smooth)
    dice = tf.reduce_mean(dice)
    return dice

5. Related

[1] - 图像分割结果的评估---DICE参数

Last modification:May 26th, 2019 at 06:18 pm

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